حدود یک ماه قبل از شهادت، آقامصطفی برای من و تعدادی از دوستان مثل محتشمی‌پور، فردوسی‌پور و… ماجرایی را تعریف کرد و گفت: بعد از نماز مغرب و عشاء داشتم از حرم امیرالمومنین (ع) به منزل برمی‌گشتم. یادم آمد آقای جزایری (از اوتاد بودند) چند روزی در بستر بیماری است. راهم را به سمت منزل ایشان کج کردم و به عیادت وی رفتم. هنوز چند دقیقه‌ای از ورود من به منزل ایشان نگذشته بود که در زدند و گفتند دو نفر ایرانی با شما کار دارند. من هم گفتم بگویید بیایند. آن دو نفر وارد شدند. آقامصطفی به آنها گفته بود: اینجا را از کجا پیدا کردید و از کجا فهمیدید من اینجا هستم؟ آنها جواب داده بودند که ابتدا به منزل شما رفتیم و چون آنجا نبودید، پرس و جو کردیم و گفتند شما به اینجا آمده‌اید.

آن دو نفر دروغ می‌گفتند. چراکه آقا مصطفی اصلاً به منزل مراجعت نکرده بود و طبیعتاً کسی هم از تصمیم ایشان مبنی بر عزیمت به منزل آقای جزایری اطلاع نداشت. لذا به احتمال بسیار، آن دو نفر از حرم آقامصطفی را تعقیب کرده بودند. خلاصه آن دو نفر حامل پیامی بودند. آقامصطفی می‌گفت: یکی از آن دو نفر به من نزدیک شد و آهسته گفت: شما را خواهند کشت. ظاهراً این یک تهدید از طرف دربار بود که اگر رویه‌ات را ادامه بدهی تو را از سر راه برمی‌داریم.

شبی که صبح آن روز حاج آقا مصطفی به شهادت رسید، چند نفر ناشناس به ملاقات ایشان آمده بودند. تحقیقات زیادی صورت گرفت که این افراد چه کسانی بودند؟ ولی متأسفانه این تحقیقات به جایی نرسید. حاج آقا مصطفی در همان شب طبق برنامه همیشگی، بعد از زیارت و خواندن نماز مغرب و عشاء به منزل امام رفته بود و با امام ملاقات کرده بود. نزدیکان می‌گویند: ایشان از لحاظ جسمی هیچ مشکلی نداشت و بسیار سرحال بود.

وقتی جسد ایشان را به بیمارستان کوفه منتقل کردند، پزشک معالج بعد از معاینه، علائم مسمومیت را در جسد دیده و گفته بود برای اثبات این موضوع نیاز به کالبدشکافی است اما حضرت امام اجازه ندادند و فرموده بودند: کالبدشکافی کنیم که چه چیزی ثابت شود؟ ضمناً کالبدشکافی یک نوع بی احترامی به میت هم هست. این سه دلیلی است که تا حدی ثابت می‌کند حاج آقا مصطفی خمینی به شهادت رسیده است. بعضی ها هم می‌گویند یک ماشین با پلاک ایرانی مقابل بیمارستان ایستاده بود و به محض اینکه مشخص ‌شد حاج آقا مصطفی از دار دنیا رفته است، حرکت کرد و از بیمارستان دور شد.

به نظر من، دلیل این که حدودا یک ماه قبل به حاج آقا مصطفی گفته بودند قرار است تو را بکشند، این بود که می‌خواستند از امام (ره) به نوعی زهر چشم بگیرند و نشان دهند که ما حرفی را که می‌زنیم عمل می‌کنیم.